Die heutige stattliche Pfarrkirche ist in ihrer jetzigen Form eine hoch- bzw. spätgotische, dreischiffige Pfeilerbasilika mit überhöhtem Mittelschiff und einem Chor, der das Langhaus überragt. Die hoch sitzenden Fenster des Mittelschiffes verraten, dass hier ursprünglich wohl eine Flachdecke eingezogen war. Das Mittelschiff ist nun mit einem Zweiparallelnetzrippengewölbe, die Seitenschiffe mit einem Kreuzrippengewölbe und das Presbyterium mit einem doppelten Springrautengewölbe mit drei verschiedenen reichverzierten Schlusssteinen ausgestattet. Die an der Außenseite noch deutlich erkennbaren gotischen Spitzbogenfenster des Altarraumes wurden in der Barockzeit zugemauert. Im Jahre 1904 wurden in zwei Fenstern die Glasgemälde des hl. Aloisius und der hl. Agnes eingesetzt.
Links im Chor ist die spätgotische Sakristeitür mit einer schlüssellochförmigen Steinfassung eingefügt. Die Holztür ist mit einem spätgotischen Klopfring versehen und mit spätbarocken Bändern und Rosetten beschlagen.
Bei den Grabungsarbeiten für die Kirchenheizung im August 1970 wurden im Presbyterium Reste einer romanischen Apsis und in einer gemauerten Gruft die Grablege der Familie Hoyos und einige Priestergräber entdeckt. In der 2,5 x 3,0 m großen, zum Teil in den stehenden Fels eingesenkten Gruft stehen vier große und fünf kleine Holzsärge. Bei der Kirchenrenovierung im Jahre 1983 wurden durch das Bundesdenkmalamt neuerlich Grabungen vorgenommen, bei denen der komplette Grundriss einer romanischen Kirche aus dem frühen 12. Jahrhundert freigelegt werden konnte. Dieser erste nachweisbare Kirchenbau in Emmersdorf war eine romanische Saalkirche mit einer halbkreisförmigen Apsis. Sie hatte eine Gesamtlänge von 13,3 m und eine Breite von 6,3 m. Die aufgefundenen Bruchsteinmauern sind 1,04 m breit und gehen 1,05 m in die Tiefe, wo sie auf den gewachsenen Felsen aufliegen. Im nördlichen Seitenschiff, zum Teil unter dem heutigen Marienaltar, wurde eine kleiner Karner entdeckt.
